على الرغم من تحمس الكثيرين لترشيح الدكتور محمد البرادعي للانتخابات الرئاسية المقبلة، إلا ان بعض أحزاب المعارضة رفضت ترشيحه في ضوء تبنيه لأجندة سياسية ذات صبغة خارجية على حد وصفهم.
وفي ضوء ذلك عقد عدد من أحزاب المعارضة مؤتمرا صحفيا للإعلان عن رفضهم لترشيح البرادعي لانتخابات الرئاسة، وقد كونت هذه الأحزاب تحالفاً أسموه بـ "كتلة أحزاب المعارضة"، ويتمثل أعضاءه في الحزب الجمهوري الحر برئاسة د. حسام عبدالرحمن، وحزب الشعب الديمقراطي برئاسة الصحفي أحمد جبيلي وحزب مصر العربي الاشتراكي برئاسة المحامي وحيد فخري الأقصري وحزب الاتحاد الديمقراطي.
واعتبر التحالف البرادعي مفتقدا للمعايير والمؤهلات التي تؤهله للترشح لرئاسة الجمهورية، وأنه قد جاء في إطار إعداد شخصية بديلة لأيمن نور، مشككين في وطنية البرادعي مدلليل على ذلك بتعمده عدم إثارة موضوع الملف النووي الإسرائيلي طوال فترة رئاسته للوكالة الدولية للطاقة الذرية على حد قولهم.
وشبه خالد العطفي -أحد المتنازعين على رئاسة حزب الأمة- الدكتور البرادعي بالعراقي أحمد الجلبي والذي رأس العراق عقب الاجتياح الأمريكي دون رغبة الشعب العراقي.
في حين وصف عادل القلا سكرتير عام حزب مصر الاشتراكي سابقا الرئيس مبارك بأنه يعد زعيما للبلاد ورمزا لكتلة أحزاب المعارضة.